När Christian ville skilja på Schleswig och Holstein och göra Slesvig heldanskt, uppstod krig med Tyskland 1864. Även många skåningar deltog i kriget på Danmarks sida. Bland annat diktaren Anders Johan "Afze" Afzelius från Simrishamn åkte till Sönderjylland och deltog i slaget vid Dybböls skansar. Ett slag vid Rageböl inleddes den 17 mars 1864. Danskarna förlorade slaget, men vann igen mot preussarna den 28 mars. Den 18 april stod en underbemannad dansk styrka emot tyskarnas belägring och en tid efteråt slöts en vapenvila. Danmark förlorade senare både Slesvig och Holstein till tyskarna.
Christian och Louise fick 6 barn. Den äldste, Frederik, blev kung i Danmark. Den näst äldste sonen, Wilhelm, blev kung i Grekland som Georg I. Äldsta dottern Alexandra gifte sig med Edward VII och blev drottning av England. Näst äldsta dottern, Dagmar, gifte sig med tsar Alexander III och blev tsarinna av Ryssland. De två yngsta barnen gifte sig med andra adliga. Christian IX dog den 29 januari 1906 på slottet Amalienborg i Köpenhamn.
